Od 1. ledna 2009 došlo k rozšíření výčtu ochranných opatření, která může soud uložit. Nejčastěji ukládaným ochranným opatřením je ochranné léčení, které může být vykonáváno ambulantně (odsouzený sám dochází v pravidelných intervalech za odborným lékařem) nebo ústavně (odsouzený je umístěn o příslušného ústavu – nejčastěji do psychiatrické léčebny). Problém je v tom, že ústavní ochranná léčba je vykonávána v podstatě v běžných zdravotnických zařízeních, z nichž odsouzený může poměrně snadno uprchnout.
Rozhodnutí, které může soud vydat bez projednání obžaloby v hlavním líčení, tedy tzv. "od stolu", jestliže důkazy, shromážděné v přípravném řízení policií a státním zástupcem umožňují bez pochyb rozhodnout o vině obviněného a o trestu.
Jedná se o jednu ze základních zásad trestního řízení. Podle ní se na každého, kdo dosud nebyl v konkrétní kauze pravomocně odsouzen za trestný čin, hledí jako na nevinného. To platí i v případě, že proti konkrétní osobě již bylo zahájeno trestní řízení a dokonce i v případě, že ve věci již byl vynesen odsuzující rozsudek, který ale ještě nenabyl právní moci, protože proti němu bylo podáno odvolání.
Při ukládání trestu vychází soud nejen z trestní sazby, stanovené zákonem pro daný trestný čin, ale musí přihlédnout mj. i k okolnostem trestné činnosti. Tyto okolnosti mohou hovořit ve prospěch obviněného (tzv. polehčující okolnosti), nebo naopak v jeho neprospěch (okolnosti přitěžující). Trestní zákoník tyto okolnosti nevymezuje jednoznačným výčtem, ale uvádí je pouze příkladmo, neboť žádný zákon nemůže zahrnout všechny možné situace, které mohou nastat.
Jsou-li obviněný a poškozený v bližším příbuzenském poměru, lze trestní stíhání pro zákonem vymezené trestné činy zahájit nebo v něm pokračovat jen se souhlasem poškozeného. Pokud poškozený souhlas nedá nebo jej vezme zpět, je trestní stíhání pro daný trestný čin navždy vyloučeno, tzn. poškozený si to nemůže dodatečně rozmyslet a svůj souhlas poskytnout.