Promlčením by trestnost činu během trestního řízení neměla zaniknout nikdy, to by byl obrovský průšvih. Je možné, že trestnost zanikne promlčením ještě před zahájením trestního stíhání – v takovém případě ale ani není důvod trestní stíhání zahajovat. Je ale pravda, že se může stát, že až třeba soud přijde na to, že promlčecí doba uběhla bez toho, aby v ní orgány činné v trestním řízení zahájily trestní stíhání nebo činily kroky k ukončení této věci. Pak samozřejmě trestnost činu zaniká.

Mnohem častějším způsobem zániku trestnosti je ale účinná lítost, tedy to, že pachatel odčiní následky své trestné činnosti ještě před tím, než soud 1. stupně začne vyhlašovat rozsudek. To ale zákon umožňuje jen u některých trestných činů, u nichž zájem na odstranění následků trestné činnosti je větší než zájem na potrestání pachatele. Typicky jde o trestný čin zanedbání povinné výživy nebo neodvedení daně, pojistného na sociální zabezpečení a podobné povinné platby.

Pokud dojde k zániku trestnosti z jakéhokoliv důvodu, je pro formu soudního rozhodnutí důležitá fáze, ve které se právě řízení nachází. Jestliže se soud o zániku trestnosti dozví ještě před tím, než nařídí hlavní líčení, je zbytečné hlavní líčení nařizovat a soud usnesením trestní stíhání zastaví tzv. "od stolu". Jestliže se ale tyto skutečnosti dozví až při hlavním líčení, nemůže už trestní stíhání zastavit, ale zprostí obviněného obžaloby podle § 226 písm. e) trestního řádu.